現在、日本滞在中です。PRカードの有効期限が来年の五月までです。(初めての更新)来年にはカナダへ戻りたいのですが、来年になると日本滞在期間が四年になってしまいます。入国の時点でひっかかり、PRカードの更新は難しいでしょうか？
問題なく入国できれば、入国後二年経ったら更新をしようかと思っているのですが、この方法で問題ないでしょうか？

基本ルールとしては、ダメです（移民でいるための義務を怠っています）。
でも、入国時にひっかかるかどうかは、わかりません。
ただ入国審査で、カナダ出国の日にちを記入する欄があり、ＰＲカードも機械で読み込ますので、そこでカナダ出国日として４年前の日付を書くと何かチェックが入る可能性はあるでしょうね。
でもカナダに家や家族があり、カナダ国外にいなければいけなかった理由さえはっきりさせておけば、何とかなる気はしますが、私なら念のため３年たった時点でいったんカナダに戻ります。

＞入国後二年経ったら更新をしようかと思っているのですが、この方法で問題ないでしょうか？

本来の更新手続きと内容は変わるかもしれませんが可能だったと思います。
（確かではありません）

日本に４年間滞在してカナダに戻り、入国後２年経ったら更新するとなると
１年間はPRカードの有効期限が切れたままカナダに滞在する事になりますよね。
カナダ国外に出れなくなるんですよ！

もし日本で何かあっても日本へは帰国出来ますがカナダ入国はPRカードの有効期限が
切れているのでどうなるのでしょうか？

よく考えた方がいいですよ！