トピ主さんは「州政府の申請結果が合格だったとしても、その後、カナダ政府に書類がいく」とおっしゃっていらっしゃいますので、各州ノミネーションプログラムをご検討中に見受けられますが、他のトピックを拝見すると、ポイント制度のお話もしていらっしゃいますので、スキルドワーカーカテゴリーのこともご検討でいらっしゃるのでしょうか。
「州政府で、申請結果が合格、カナダ政府で却下されるということはあるのでしょうか?」とのことですが、各州ノミネーションプログラムで申請なさった場合、州政府の審査に合格しても、その後移民局にて申請者のバックグラウンドチェックがありますので、移民局の審査で却下になるということももちろんあります。
カナダの永住権の申請には色々なカテゴリーがあります。
まずはトピ主様の経歴や、職歴などにあったカテゴリーで申請する必要があり、ここで申請条件などがきちんとあっていないカテゴリーで申請してしまうと却下されてしまいます。
以下のリンクから、永住権申請のすべてのカテゴリーが確認できます。
http://visa.jinzaicanada.com/permanent/
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