http://www.cic.gc.ca/english/information/offices/apply-where.asp
こちらのApplicants for permanent residence の下に
You must select the visa office that serves your country of nationality or the country where you have been legally admitted for at least one year.
という一文があり、そこから更に下の方に見て行くと、カナダの場合にはオタワ(CPP-O)日本の場合にはマニラが表記されています :)
私も1年以上のビザをとってオタワにするか迷っているところです!どちらがいいのかは私も???という状態です。