ご結婚おめでとうございます!
カナダに入国後にカナダで結婚→大使館を通して日本に婚姻を報告→ビザの国内申請をする、という順序でよろしいでしょうか?
そうなると、日本の戸籍が結婚後に変更になると思います。自分が筆頭者でなければ新しい戸籍が作成され、戸籍に彼との婚姻日が掲載されますし、苗字を変更する予定ならそこももちろん変わります。ですので、その辺を踏まえた上で書類を用意しないと無駄になってしまいます。
戸籍は結婚後に変更されたものを取得し、苗字を変えるなら、パスポートの名前も変更しなければいけませんが、こちらも新しい戸籍が必要になります。
この際、切替申請するとパスポートNOが変わりますので、無犯罪証明書を申請する際には新しいパスポートで申請した方が良いです。審査の過程でひっかかる可能性がある、と警察の方に言われました。訂正申請ですとパスポートNOは変わりませんが、ICチップが使えなくなる為、様々な面で不便があるようです。
また自分が筆頭者の改製原戸籍がない場合、念のため元いた戸籍(私は父親が筆頭者のもの)の戸籍謄本と改製原戸籍を取得した、という話を目にしたので私もそうしました。(なくてもいいようですが…)これも自分の戸籍が変更後のものになります。
以上のようなことから、日本で用意していけるものとカナダで結婚後に用意すべきものに分けて考えないと、先にも書きましたが、内容が変更になってしまっては無駄になります。
私は日本で結婚後日本からビザ申請しており、移住先がケベックですので公証など分からないですが、こちらのブログの記事が参考になるかなと思います。
http://qcca.sakura.ne.jp/qc/log/marriage/eid11.html