>>>今年10月に就労ビザ
と書かれていますが、学生ビザだったのですね。
かなり前ですが、私も学生ビザの後、ワーキングホリデービザを申請して取得できたので可能かと思います。ただ、以前カナダに滞在していたのに、何故またカナダに行きたいのか、日本のカナダ大使館にて面接になることもありえるかと思います。
ご質問のことに関しては、下記のサイトにこのように出ています。
http://www.cic.gc.ca/english/information/applications/guides/5551E2.asp
May I leave Canada before my request for an extension has been finalized?
Yes. However, if you leave temporarily and you do not have your new document before you seek to re-enter Canada, you will have to re-apply (either at the port of entry if you have the right to do so, or at a visa office outside Canada) and pay another processing fee.