ファミリークラスにて永住権を申請予定です。
CICに問い合わせたところ、国内申請中でも、十分な書類がそろっていれば旅行も問題ないと思う（ただし保障はできない）といわれました。

実際に国内申請中に国外に出られて無事カナダに入国できた方はいらっしゃいますか？
またそれはどのような状況でしたか？

基本的には国内待機です。CICのガイドにもしっかり記載されているし、理解した上での国内申請ではなかったのですか。審査が却下になることや遅れをとることも承知の上での旅行？
十分な書類とは、トピ主さんがワークビザや学生ビザを持っている場合や
日本での緊急な出来事の証明の書類とかですね。

国内申請中に帰国準備をしていました。
ただ、私の場合は帰国予定日を前に面接の連絡がきて受けられたのでPRカードはありませんでしたが移民ということで帰国出来ました。

基本的にすでにステップ２に進んでいて、カナダに合法的に滞在出来るビザの有効期限が十分にあれば、カナダ国外にでても問題になることはないようです。
私もそのつもりで準備していましたから。
良く言われることですが、税関のオフィサー次第でくどくど質問されたりする場合もあるし、そのまま
「申請中なのね」とスルーされたりするようです。
質問された場合に備えて、申請書類を全てとその時点で受け取っている手紙等を全部持って行くことをおすすめします。
もちろんビザは必須です。
ご主人もご一緒ですか？そうであればそれだけの書類があれば問題ないと思います。
まあでも、後は自己責任ですけどね。

ご回答いただいたお２人の方々、どうもありがとうございました。
結婚式準備などの為、１人で帰国を考えていました。
CICへの問い合わせの後、主人は大丈夫なら国内申請がいいと主張していますが、やっぱり危険を冒すのはやめようかと思います。

なぜ国内申請をするんですか？
後進国出身で国内にとどまる為のビザが簡単におりない人達向きです
日本人ですよね？特別な理由がありますか。

例え日本出身でも在日の人とかだと国内申請の方が安心なのでは？
（注：このレスはトピ主宛じゃありません）

普通の日本人なら普通に国外申請でしょう。

なぜ、国内申請したのかと言う理由はさておき、私は国内申請中に日本に２ヶ月半かえりました。

父が倒れた為でした。私もCICに電話して確認しました。
人によって言うことが違うので、同じ質問で３回電話をかけました。
結果、「理由が普通の旅行とかじゃ再入国もわからないけど、家族が倒れたとかじゃ仕方ないんじゃない？？」てな感じでした。

なので、病院で診断書をもらって訳してもらったものと一緒に帰ってくればいいかと考えました。
もしも別室行きで、色々質問されても、私は悪いことしてないし、家族がそうだったんだから
と考え、日本へ行く際にはマリッジサティフィケートのコピーや主人の身分証のコピーを持って行き
再入国に備えました。

日本からも残高証明書など、必要ないかもしれないと思いつつ、思いつく範囲で集められる書類を
集めました。

しかし、入国審査の際には
「何でカナダに来たの？」
「何で日本に帰ったの？」
「これからカナダでどうするの？」
と言う質問と、マリッジライセンスのコピーを見せて、通してくれました。

別室行きを覚悟していたし、色々そろえた書類もお金が掛かったものもありましたから、なんだか、あっけない感じでしたが、ラッキーなオフィサーに
あたったんだと感謝しました。

もちろん、帰国の予定はないので片道チケットできました。

トピ主さまは旅行？とのことですので、どうなるかわかりませんが、以上が私の体験談になります。

ご参考までに。

hanaさん
体験談、どうもありがとうございます。
本当に助かります。
私の場合、特に家族に何かあったわけではないのですが、結婚式の準備や実家の片付けなどをする為に帰国しようと考えています。

申請はこれからなので、どちらにするか、よく考えて決めようと思います。