カナダ国内で移民を申請している最中は国外に出てはいけないと聞いたのですが、有効なビザ（私の場合はワークビザ）を持っていれば問題ないのでしょうか？

まだ生きているワークビザですか？それとも移民申請によってLMOなしでエクステンドをかけているワークビザですか？
基本的に国外へ出ない方がよいかと思いますが、まだワークが生きている状態であったら
入国はできますが、移民申請が却下になる可能性もあるかもしれません
オフィサー次第です。

大丈夫でしたよーと書き込みする人もいるでしょうけど
個々それぞれですので、鵜呑みにされない方がよろしいかと思います。