ＣＩＣに早めてもらうよう申請し、確認のメールがきましたが、ネット上でもプロセスになっていない状態です。帰国までに間に合わなければ渡航書を申し込むのですが、ふとＰＲカードの有効期限がきれていたら、ＪＲパスは買えないかもと思ってます。ご存知の方教えてください。お願いします。

大丈夫じゃないですか？
売るほうは別に政府のお役人じゃないですし、そもそも移民であることは間違いないんですから。
日本国内でパスに変えるときでも、証明は簡単だと思います（古いPRカードと渡航証とか）

買う時はチェックなんてないと思います。
日本で引き換える時にあれば大丈夫じゃないですか？

問題なしです。
PRカードが間に合わなくてその代わりに渡航書があるんでしたら、それで証明できますし。

ＰＲ　CARD　なしで日本からの飛行機のせてくれる？
カナダ入国も難しいよね？
更新中に海外でて大丈夫なの？

↑渡航証があるなら大丈夫ですよ。