CECで申請をする際に、Checklistをみると、学生ビザを所持していた場合、そのビザの紙を提出と書いてありました。しかしそのビザの紙をなくしてしまいました。その際、申請は受理されないでしょうか？CICに確認とってる最中です。CECでの申請は２年以上のワークエクスペリエンスがあるのでそれで応募します。学生ビザは約７ヶ月でした。

別に今有効で持っていなくてはならないものを無くしたわけではないですよね？
問題ないと思いますよ。
私なんて旅行に行ってカナダに戻ったときに、新しいビザと古いのを両方持っていたら、イミグレーションで古い方を没収されました。「記念に欲しい」と言いましたが、受け入れてもらえずそのまま取られました。
そんなこともあるんで、有効期限の切れたものだったら捨ててしまう人も多いので、無いと答えれば問題ないと思いますよ。
今現在ワークビザかなにかをお持ちですよね？クライアントナンバーは何ビザになっても一緒なので、その番号を書けばいいと思います。