ＣＩＣサイトのＰＲカードの更新手続きのところに、
Residency Obligationとして、下記のようにあります。

If you have been a permanent resident for five (5) years or more →
→have been physically present in Canada for a minimum of 730 days within the past five (5) years.

If you have been a permanent resident for less than five (5) years→
→show that you will be able to meet the minimum of 730 days physical presence in Canada at the five (5)-year mark.

結果的に5年区切りのうちの2年間カナダに住んでいれば良いのですよね。更新してＰＲカード受け取った後に又日本へ戻ってもいいのでしょうか。
例えば、移民権取得後2年間カナダ→3年間日本→ＰＲカード更新→3年間日本→2年間カナダ。。。。のように。

日本が生活基本であれば更新する必要はないのでは？ 　

いつの時点でも過去５年間のうちに７３０日はカナダに滞在していることが条件ですので、この条件さえ満たせばカードを受け取った後日本に戻ってもいいはずです。

ただ実際にこの条件をチェックされるのはPRカードの更新時ですので、カードの更新時にこの条件を満たしていれば移民権は維持できそうです。 　

↑上の方が言われているように、いつの時点をとっても、その日から過去5年間を振り返って、2年以上カナダに滞在していればいいということです。

>ただ実際にこの条件をチェックされるのはPRカードの更新時ですので、カードの更新時にこの条件を満たしていれば移民権は維持できそうです。

チェックにはもうひとつ「入国時」というのがあります。入国時にどれだけ厳しくチェックされるかは判りません（というか担当官次第です。何も言われない人のほうが多いでしょう）。国外に出ていて居住資格を満たさなくなった場合、たとえPRカードの有効期限内であっても、多少のリスクが伴います。 　

＞移民権取得後2年間カナダ→3年間日本→ＰＲカード更新→3年間日本→2年間カナダ。。。。のように。

PRカードは入国時に必要なだけで、きっちり５年ごとに更新しなくてもいいので（必要ないならPRカード持たなくてもいいし、更新無用）
移民権保持をPRカードでは無理じゃないですか。

トピ主が言うような結果的に真ん中の６年間は日本にいることは、カナダに戻って２年間滞在のために入国時にチェックされ６年間カナダに居なかったことが判ったらマーク必然じゃないですか。
PRカードは条件が満たせば更新可能だけど移民局は以前からの更新記録を保管してるだろうし何年継続でカナダ国外に出たか判ってると思います。
日本に拠点をおく生活なら別にカナダで移民保持しなくたっていいと思うけど。 　

>結果的に5年区切りのうちの2年間カナダに住んでいれば良いのですよね。

この「区切り」というのは「いつの時点をとっても、その日から過去5年」という区切りです。今あなたのPRステータスが維持されているかどうかは、今日から遡って5年で判断されます。つまり2005年7月5日から今日までの5年間に何日滞在していたか？です。

文面から判断して、トピ主さんは「PRカード取得してから切れるまでの5年」と勘違いされているようですが、違います。間違わないようにしましょう。

また、上の方が言われているように、PRカード保持と、PRステータスはイコールではありません。トピ主さんは、PRカードさえ持っていればPRだと思われているようですが、厳密には違います。ほとんどの移民は有効期限内のPRカードを持っていますが、有効期限内のPRカードを持っているから移民ステータスを満たしているとは限らず、移民だからといって有効期限内のPRカードを持っているとは限りません（PRカードが切れていても、PRカード自体を持って無くても、要件さえ満たしていれば移民ステータスはあります）

つまり、たとえ期限内のPRカードを持っていても、すでにPRステータスが切れているという状況も存在します。たとえば極端な話、PRカードを更新して、5年後まで有効とします。その後カナダ国外に出て5年後にPRとして帰ってこれるかというと、これは疑問です。なぜなら国外に出て3年経った時点で、PR居住要件を満たしていないからです。

5年後にギリギリステータスでカナダに戻ってきて、もし入国時に何も言われなければ、そのままPRカードなしでカナダ国内から一度も出ることなく2年滞在すれば、2年後にはPRカードの更新要件を満たすことになりますが、その時点で、パスポートのチェックがありますから、以前の5年の空白を指摘されることも可能性としてはあります。

結論をいうと

>取得後2年間カナダ→3年間日本→ＰＲカード更新→3年間日本→2年間
>カナダ。。。。のように。

↑このように、途中でカナダに一時的に滞在したとしても、6年カナダを離れている状態だと、PRステータスは保持できません。上の例であれば、PRカードを更新して次に３年日本に滞在したあと、カナダに戻った時、チェックが入る可能性があります。もしチェックが入らず、うまくカナダに入国できたとしても、PRカードの更新はできませんので、次の2年間は一歩もカナダから出ることができなくなります。

もし何らかの理由があって、どうしても国外を離れる理由がある場合は（移民局の判断による）この居住要件を満たさなくても、移民ステータスを維持する事は可能ですが、必ず申請しなければなりません。