PRを取得して、５年ほどたちます。
これから、生活の拠点を日本に移そうかと考えているのですが、
何年後かに、またカナダに戻ってきたいと思っています。
きっと帰って来る頃には、PRの有効期限が切れてしまいます。
何かいい方法はないでしょうか？
カナダ国籍取得すると、日本国籍がなくなってしまいよね。。

PRのステータスを維持するには、５年のうち２年はカナダに住んでいないとなりません。例外は、海外に住んでいるカナダ人と結婚しているとか、海外でカナダの企業（あるいはカナダ政府）に雇用されている場合です。
詳しくは下記のCICのページをご覧ください。
http://www.cic.gc.ca/english/information/applications/guides/5445EA.asp

永住権取ったけどやっぱり長期間日本で暮らしたい、なんて都合のいいことはできない仕組みになってます。 　

同じトピを重複してたてるのは利用規約違反だよ。
どっちか削除依頼出して下さい。
　

いつから遡っても過去５年間の内、２年以上をカナダで暮らしていなければ（レス１さんの仰っているように例外を除く）、永住権は消滅します。PRカードの有効期限とかは関係ありません。すでに永住権が失効してしまいます。

当然カナダ市民権を取ると日本国籍は無くなりますし、日本への滞在にビザが必要になります。

長期日本で暮らした後で再度カナダで暮らしたいなら、半年以内で（ただし働くことはできませんが）滞在はできますよ。