カナダに移民した方と日本で入籍します。
彼は2日国籍所有です。
その場合、入国に使用したパスポートと同じ国の婚姻要件具備証明書が必要だとカナダ大使館ではe-mailで言われました。
もうひとつの国籍の大使館の人は、在カナダの大使館で婚姻要件具備証明書をとればいいと言いました。
日本の区役所では、とりあえず、両国の昔の書類のコピーをくれ、これと同じ内容のものを持ってくるように言われました。
それは在日本大使館の出したものでした。
内容が一緒であることが大切なのかそれとも、在日本大使館で作成されたことが大切なのか、いまいち区役所の人の説明も人によってちぐはぐなってきてわかりません。
もし、同じような経験をされた方がいましたらアドバイスやご連絡お願いいたします。

私の場合トピ主さんと少し似たケースですので、ご参考にしてください。

私はアメリカ生まれで、アメリカと日本の２重国籍所有者。日本では日本人として住民票を入れています。
夫はカナダとアイルランドの２重国籍所有者。日本にはカナダ人として入国したので日本のビザはカナダのパスポートに付いています。

昨年、日本で結婚しました。

市役所で問い合わせたところ、夫は
カナダの婚姻要件具備証明書、カナダの出生証明書、
カナダのパスポート、および日本の外国人登録証明書
を提出してください（英語の書類は和訳を添付すること）
と言われました。
それらを集め、婚姻届と自分の書類と一緒に提出しました。

カナダ人として日本に住んでいるため、アイルランドのパスポートをもっていることはお役所に伝えませんでした。なぜならば、日本の公務員に「私は２重国籍もっています」と伝えたら混乱してしまい、必ず当てにならないことを言い出しますから！　トピ主さんもそのハメにあってしまったのでは？

私のアドバイスとしては、彼氏さんがどのパスポートで入国したかを確かめ、その国の大使館へ出向き、婚姻要件具備証明書（または独身証明書：国によって異なる）を作成してもらうことです。

自分の経験からしますと第２カ国の書類は不要ですが、万が一区役所で何か言われたら「いや、彼は○○人としてこの区に登録しています。身分を証明する書類は（その国の）在日大使館が発行したものです。」と答えれば良いと思います。

アホな公務員の言うことに惑わされず、頑張ってくださいね！ 　

早速のお返事ありがとうございます、maryさん。
私の場合、生活はカナダで行い、相手が日本にいる時間は一週間と短く、困っているのですが、今日、一応ottawaでもう一つの国の婚姻要件具備証明書をもらってくれました。なので、しれ〜っと何事もなかったようにその国の書類とパスポートを提出して、ばれなければ婚姻成立。カナダのパスポートで入ったことがばれて、文句を言われたら、以前問い合わせたとき、そんなことは言われなかった！どっちでもよいと言ったでしょうとごねてみたりして、それでも無理ならカナダ大使館に泣きつき時間を作ってもらって発行してもらおうかと・・・・。最悪、婚姻を諦めてカナダで結婚となるのでしょうか…。
すごく、あわてていたのですがmaryさんのコメントを読んで、なんとなく、こうなったら次はこうしようと、道筋が立てれて落ち着きました。ありがとうございます。