カナダ人の主人と日本で住んでおり、移民を考えているのですが、カナダには親戚もおらず、住所がありません。
この場合は、カナダの住所なしでも大丈夫なのでしょうか。

ご主人のご両親もいらっしゃらないのでしょうか？もしそうであれば、どうしていないのか詳しく書くなり、関係書類を提出するなりして証明すれば大丈夫だと思いますが。
基本的に皆さん、日本にいればカナダの住所はないんじゃないですか？ご両親のところで当分一緒に済むという以外は・・仕事や学校などでご両親と離れたところに住むときはないと思いますが。
もし入国の際に問題があるようなら、入国した日の宿泊場所などを提示し、そこから定住地を探すなど説明したらよいのではないでしょうか？ 　

ご主人がカナダ国籍ならまったく問題ありません。
日本の住所で申請してください。
ただし、永住権が取れたら、ご主人はカナダに帰って居住し始めるというのが要件なので、カバーレターにでも今後の計画を書いておいてください。帰国予定を証明する、学校や勤め先からの書類があれば、添付するとなおいいですが、なければ特に必要ありません。