日本の法律ではまだ認められていないと言う事は解っての投稿です。いずれ認められる日が来ることを祈ってますが。

日本のパスポートを領事館で更新したいのですが、何かリスクはあるでしょうか。不法滞在者として更新するしかないと思うのですが、その場合、領事館側はどうやって本人を確認するのでしょうか。

日本に行って更新した方が安全でしょうか？

ＰＲカードがないと領事館では更新できませんよ。

カナダのパスポートで日本へ一時帰国して日本で申請するしかないと思いますが、申請した時点で日本の旅券法に違反します。（外国の国籍を持っているかどうかの質問に答えないとならないので）

　

日本のパスポートで日本に帰り、役場に転入手続きをする、そして戸籍謄本を取り新しくパスポートを申請する。
あくまでも自己責任でね。