現在旦那とともにSkilled workerで永住権を申請中です。

旦那様と一緒に申請ができないわけはなぜでしょう？
もちろん、単身でも申請が可能ですが、その際に
"単身での申請であり、この先永住権が取れた後も相手のスポンサーにはならない"という旨の誓約書にサインをしなければなりません。
つまり、Ｍさんが仮に永住権をとれてカナダに住むことができたとしても、旦那様とともにカナダに住むためには旦那さんは自分一人の力で申請をしなければなりません。（ＭさんがサポーターになりFamily classで申請ということが不可ということです。）
その点さえ、了承済みであれば、単身で永住権申請をするのはなんの問題もないと思います。

*弁護士無しで申請をしたため、一通り申請に関する書類には目を通したことがある為アドバイスをさせていただきました。