入国管理局へ聞いてみたらどうでしょうか。結構親切に教えてくれますよ。日本語も英語も通じるはず。
http://www.immi-moj.go.jp/info/index.html
ちなみに、うちの主人も最初ワーホリで滞在しました。
結婚する予定で来たので、最初の6ヶ月のワーホリビザが切れる前に配偶者ビザへ切替申請をしたのですが、配偶者ビザがでるのに時間が少しかかったのでその前にワーホリビザが切れてしまいました。
その切れた間は一応申請中ということで滞在許可はあるものの、就労許可はないと言われました。
厳密に言うと違法とまではいかないらしく、調べるわけではないですが会社側が厳しいと働けないようです。
ワーホリビザの6ヶ月更新は早めにしたほうがいいですよ〜
日本のワークビザの手続きがどのようにするのかわからないので、トールさんの質問に的確な回答ができなくて申し訳ないですが、ワーホリビザを今後切替したりする参考に、と思って。