You can sponsor a person as your common-law partner if
• that person is of the opposite or same sex,
• you and that other person have cohabited in a conjugal relationship for a period of at least one year, and
• your relationship with that person is continuing, even though you are temporarily living apart.
というのが条件なので、全部で1年以上in a conjugal relationshipで暮らしていればいいと読めますが、いかがでしょうか?
ただ離れていながらin a conjugal relationshipであると証明するためにイロイロ材料を集めておいた方がよいと思います。