来年カナダ人の彼と結婚する予定です。現在取得している就労ビザも来年の上旬に切れてしまうため、今から申請手続きを始めようと思っているのですが、年末に日本に休暇で帰ろうかと考えています。申請後に帰国すると、入国の際に何か聞かれたりするのでしょうか？

わたしはスキルドワーカーでカナダからバッファローに申請しました。
申請中、アメリカに旅行にいったときは何もいわれませんでしたし、日本にも帰りましたが、出入国に特に問題はありませんでした（その時点では学生ビザを持っていました）。入国審査官によるかもしれませんが。
ただ、友人からファミリークラスでカナダからカナダ国内に申請すると（「国内申請」っていうんでしょうか）、申請中はカナダから出国できない、というのを聞いたことがあります。
移民局に尋ねてみられるのがいいかもしれません。