私も在日で、11月に入籍する予定です。パスポートに関しては、韓国領事館に申請すると、パスポートに括弧付きで書かれると聞きました。例えば, jun kim w/o smith みたいな感じ。その後の名前の使い方が、私にもよくわからなくて、知りたいところなんですけどね。通称名(例えば)はなこという、日本名を使っていきたい場合は、どうするのか。古いサイトですが、在日の結婚のことについて書いてあるサイトがあるので、のぞいてみたらどうでしょう。
http://www.canada-guide.com/bbs/show.html?211