今、マニラにパスポート提出してるのですが、日本の家族が事故にあってしまい、１日もはやく帰国したいです。

領事館からパスポートを無くした時用の帰国のために必要な書類はだしてもらえるのでしょうか？

まずは領事館が開く時間に問い合わせてみては。
たしか、発行してもらえるとは思うのですが・・・・・
ご家族の方、大きな怪我でないことを祈ります。
また、航空券も取れることを祈っています！ 　

過去ログ探したんですけど見つからなかった・・・・
もう調べているかもしれませんが、バンクーバー領事館のサイトの中のパスポートについての記述があるページです。
事情を話して、渡航書を発給してもらえるといいのですが。
http://www.vancouver.ca.emb-japan.go.jp/jp/consular_j/passport_j.htm