スキルドワーカーで申請をし、最近追加書類のリクエストが来ました。
2001、2002年度の日本のタックスリターンを提出して下さいとの事ですが、日本のタックスリターンとは源泉徴収票の事でしょうか？
昔のものなので保持していないのですが、
会社に頼むと再発行をしてくれるものなのでしょうか？
知っている方がいたら教えて下さい。

たぶん、そうだと思います。
それか、給与明細コピーか、あとは元勤務していた会社にレターで支給額と納税は会社にてしておりますというようなものを書いてもらうのも有効です。私はそれで問題ありませんでした。 　

日本で会社勤めをされておられたのなら、源泉徴収票です。
再発行可能だと思いますよ。
私も再発行してもらったことあります。
５、６年も前の物ではなかったですが...

もし源泉徴収後に、医療費控除や副業などで、確定申告されている場合は、納税証明書を税務署だったかな？で発行してもらえます。
私は確定申告した年があったので、その年は納税証明書を発行してもらいました（源泉徴収票は確定申告時に提出してしまうので）。