90日間というのはうっかり失効の場合のrestorationの期限ですね。
http://www.cic.gc.ca/english/pdf/kits/guides/5551E.PDF
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本来は3回目の申請が却下された時点、もしくはその時点で持っていたvisitor recordの期限のうち、遅い方の日に出国の義務があるのではないでしょうか。延長申請をしただけで自動的に3ヶ月長く滞在できる、というルールはありません。
私もおそらく不法滞在とは認識されていないと思いますが、仮にそうであったとしても、そうでなかったとしても、トピ主のゆきさんはどのみち申請を出されるのではないかとも思います。