去年の１０月にスキルドワーカーで永住権申請しました。オーストラリアに永住して住んでるので申請先はシドニーオフィスになります。イニシャルアセスメントまで１８ヶ月から２４ヶ月はかかるというファーストレターが届きました。なのであと１年半位には結果が分かるのだろうと思います。
今度、日本に帰国する事になりました。住所変更届けを通知すると、その場合私の申請書類はマニラになってしまうのでしょうか？

オーストラリアには親も住んでいるので、住所変更せずにしててもいいのでしょうか？もしその場合、健康診断書を提出せよと言われたら、恐らくその時は日本の医者に診てもらう事になるんです。申請書類の作成が申請地と同じではいと差し支えるとか、そういう情報ご存知でしょうか？先日シドニーのイミグレーション宛にメールで質問しましたが、やはり返事はこないような気がします。。。
ややこしい質問ですみません。なんらかの情報や体験談を教えて頂ければ大変助かります。

特に問題がない限り、受け付けたビザオフィスが最後まで担当するのが原則です。また健康診断は、指定医であればどこで受診しても大丈夫ですよ。

バッファローでのプロセス開始後、日本に帰国し、健康診断を日本で受けたケースもこの掲示板で見かけますが、マニラに転送された例は聞いたことがありません（開始前の転送はあります）。

私自身、バッファロー申請ですが、休暇で一時帰国したときに日本に住所変更しました。オフィサーも私が日本にいることを認識するメモをファイルに書き込んでいましたが、そのままバッファローで処理されました。相方は日本で健康診断を受診しましたが、特に問題はありませんでした。

コアラさんの場合は、オーストラリアの永住権をお持ちなので法的地位が変更するわけではありませんが、関連するだろうと思われる審査マニュアルの記述を引用しておきます。

Change of status during processing of application

For applicants whose legal status in the country where they made their application changes or expires before completion of the processing of their application, processing of the application will be completed in the office where it was submitted.

However, if an office concludes that it cannot continue to process the application without jeopardizing the integrity of the program, that office must notify the applicant concerned that the application cannot be processed by it and will be transferred to the office that handles the new country of residence or nationality.
http://www.cic.gc.ca/manuals-guides/english/op/op01e.pdf 　

けいさん、参考になるお話とリンク、どうもありがとうございます！
イミグレーションにメールで質問したんですけど、返信がくるわけもなく、どうしたものかなーと悶々してたので、本当に嬉しいです。
ありがとうございました！感謝です。