カナダ国内から申請中です。夏休みなので、２ヶ月日本に帰ろうかと思ってますが、駄目なのでしょうか？？
ご存知の方、アドバイスお願いします。

基本的には辞めておいた方がいいです。私は申請中帰りました。申請書など送ったコピー・結婚証明書など全て用意しておきました。私は問題ありませんでしたが、絶対大丈夫とは保障できませんが帰りたい理由が勝つのであれば後は大丈夫だと願うだけでしょうね。私は結構自信があったのであまり悩まず帰りました。 　

2ヶ月も帰るのはあぶないと思います！
国内申請は国内（カナダ）から出れないのが決まりですよ！
CICに以前電話したとき、、、『親戚の不幸』などでも帰国してカナダに入れる保障はないと言われました！ 　

私は日本に一時帰国する場合の期間はあまり関係ないと思います。
帰るなら1週間でも2ヶ月でも。
問題なのはカナダに戻ってきた時に問題なくカナダに入国できるか？ということと、その2ヶ月間の間にプロセスが進展したりしてトピ主さんがカナダにいないことが問題にならないか？（例えば面接とか）ということの2点だと思います。
戻ってきた際のカナダ入国は、きっと問題ないとは思いますが。
基本的に私の経験上、入国審査の際に「移民申請中」とか「移民申請予定」と言えばスムーズに何度も入国できました。
皆さんがおっしゃるように保障はないですが、入国審査に関してだけ言えばほぼ大丈夫でしょう。