４年前にPRカードを取得した後、カナダ人の主人と共に日本に引っ越してきました。（彼は日本の企業で働いております。）
来年はPRカード申請なのですが、日本を離れてしまって３年以上経ってしまったので永住権は無効になるのか、それともカナダ人の主人と共に日本で生活しているので申請は出来るのかと悩んでいます。
PRカード取得後、日本に帰国された方はいますか？
知っている方がいたらぜひ教えてください。おねがいします。

＞カナダ人の主人と共に日本に引っ越してきました。

なら、そのPRカードはまだ有効のはずです。なので、再度申請する必要は無しでしょう。 　

5年目のPRカード申請ですね。
ご主人と一緒に日本にいる間は、カナダにいる日数として参入できますので大丈夫ですよ。申請用紙にそのように記入して申請してください。用紙は↓にあります。
http://www.cic.gc.ca/english/applications/prcard.html 　

参入 → 算入ですね。失礼しました。