私は今国外申請中で、パスポートがマニラにあります。11月の半ばにマニラに送ったのですがまだ帰ってきません。妊娠中で実家に帰って出産する予定です。今すぐにでも日本に帰りたいのですがやはりパスポートがないと帰国できないのでしょうか？移民申請中と理由でもやはり無理なのでしょうか?どなたか知っている方or日本に帰れるいい方法をご存知の方いましたら教えてください

渡航書を発行してもらえないのでしょうか？
大使館に問い合わせてみてはどうですか? 　

パスポートなしでは飛行機に乗れないのではないでしょうか。
マニラにメール＆FAXで連絡して、パスポートをいったん返してもらうことは可能です。この場合、再度マニラにパスポートを送る必要があります（時期的には、うまくいけばビザつきで返ってくるかもしれません）。

Res.1さんがおっしゃった渡航書についても、大使館に問い合わせてみるといいかもしれませんね。ただ、紛失・焼失が前提なので、現在マニラにあるパスポートが無効にならないか心配ですが。もし問い合わせをされたら、結果を教えてください。
http://www.ca.emb-japan.go.jp/JapaneseSite/Ryoji/passport-saihakyu.htm 　

無回答さんけいさんありがとうございます。大使館に早速問い合わせてみます。マニラには2度もメールを送ったのですがいまだに返事がなくもう一度メールして見ます。 　

私もパスポートをマニラに送っているので何かあったときはどうしたら良いか聞いてきました。
基本的にマニラから送り返してもらってくださいとのことでした。
渡航書は紛失・盗難の際のものだからだそうです。 　

大使館に連絡した所、私の場合妊娠していて実家で出産したいことが理由なので特別なケースとして扱われもし帰国するまでにパスポートが来なかった場合、渡航書を作ってくれるということです。今は帰るまでにパスポートがくることを願うばかりです。 　

ひろみさん、結果を教えていただきありがとうございます。
柔軟に対応してもらえるようでよかったですね。
でもパスポートが返ってくるに越したことはないし、
できればビザ付きで返ってくるといいですね！