パスポートの名前とワーホリビザの名前が違っても大丈夫かという件ですが、私はちょっと分かりません。大使館に問い合わせてみたらどうでしょうか?ご存知の方がいたらレスがつくといいですね。
もしもそれで問題があった場合、私が思いつくのは、ワーホリを使わずに渡航前に結婚、名前変更等を済ませて、はじめから配偶者としてビザを取るという選択肢もあると思います。
ちなみにワークが申請できる場合はこちらが参考になります>>
http://www.canadanet.or.jp/i_v/work/w-2-5.shtml
戸籍謄本の件ですが、確か戸籍謄本は有効期限が3ヶ月ですから、ビザの更新の際に婚姻届けを出すとなると新たに戸籍謄本が必要になると思います。
戸籍謄本そのものよりも、カナダから戸籍謄本が取り寄せられる準備をしておく方がいいのではないでしょうか。身内に頼めればいいですが、そうでない場合は、ネットで取り寄せの申請ができるのかどうかとか、支払いはどのようにできるのかとか、調べておく方がいいと思います。