健康診断等を済ませいよいよ国外申請です。その後カナダ入国するのですが、国内申請とちがって、出国できるでしょうか？
ビジター期間が過ぎても合法的に滞在できるでしょうか？

それができなければ国内申請に切り替えようかなと・・・
ご存知の方よろしくお願いします。

こんにちは。私も国外申請した者です。私もまっつんさんと同じように健康診断等済ませてからカナダに入国しました。入国時には6ヶ月の滞在が許可されました。その後期限の切れる前に観光ビザの延長を移民局に申請しました。半年延長を希望したのですが、なぜか1年もくれました。なので、ビジター期間が過ぎても、またビジターで滞在できます。 　

国外申請であれば出国できますよ。
ビジター期間が過ぎたら違法滞在になってしまいます。
が、ビジタービザの延長手続きをすればＯＫですよ。