私は現在ワークビザを出してもらっている勤め先のオーナーとうまくいっていません。
ここ取得間近で何かと「いつでも首に出来る」、「移民も出来なくなる」など脅し的な口調で何かと縛り付けられます。
ワークビザを出してもらってカナダ移民になれるチャンスを頂いて感謝はしていますし、一生懸命働いてきました。
移民権を取得してすぐに辞めるということは自分なりに避けたいと考えておりました。
あと数ヶ月で取得可能とは思い幾度となく我慢してはいるのですが脅しに入られると限界があります。

そこで悩んでいるのですが、このスキルドワーカー移民申請中に会社を辞めざるを得なくなった場合、申請は却下されるのでしょうか？

どなたかアドバイスをお願い致します。

必ずしもそうではありません。スキルドワーカーですよね？
現在の雇用者からAEを出してもらっているのでしょうか？そうだとすると、やめた場合、AEで稼いでいたポイントが無くなりますから、Factor 5の１０ポイントFactor 6の５ポイントの計１５ポイントを失うことになります。
それを失っても基準の67ポイントをクリアしていれば申請が却下されることは無いと思います。
もう一度、ご自分のポイントを確認してみましょう。