これからこっちで結婚して国内から国外申請をするのですが、
書類を送ってインプロセスになってから、日本に２ヶ月ほど
一時的に帰国することは可能でしょうか？順調にいけば
６ヶ月くらいでパスポートのリクエストが来ると願っているの
で２ヶ月ほど帰国できたらと思っています。どなたか、
ご存知の方、アドバイスをお願いしします。

今国外申請のパスポートリクエストはとっても早いですよ。
マニラで書類を送ってから２ヶ月ほど。（その後の待ち時間は人によって違います。
バッファローは３ヶ月ほど。（その後２，３週間でパスポートは戻ってきます。）
待てるのであれば移民が終わってから帰られた方がいいと思われます。