日本側の戸籍について、アドバイスをお願いできますでしょうか。

カナダ人の彼氏と結婚を控えております。
カナダ国内から国内申請する予定でして、結婚や移民の
おおまかな手順や流れは理解しています。

結婚届を日本大使館、領事館に届けなかった場合、
移民申請はできるのでしょうか。

よろしくお願いいたします。

移民申請と日本大使館等での手続きは全く別物なので移民申請は日本大使館に届けを出さなくてもできます。
ただ戸籍謄本等が申請に必要なので追加の場合は時間かかるようですが発行してくれたり、それを英訳してくれたりします。
日本大使館、領事館でこちらに引っ越してきた際に在留届は出すものですからその時一緒に婚姻届も提出すれば問題ないでしょう。
在留届をださないと何か問題があるかは知りませんが出しておいた方が何かあったとき便利なのではないかなーと踏んでます(^^) 　

＞えれサンさん、あけましておめでとうございます。

＞トピ主さん、
最近、移民申請の追加書類として、戸籍謄本（日本大使館等で発行される英文出生証明ではなく）の提出を求められることがあります。要求されてから婚姻届を提出したのでは、新しい戸籍ができるまで数ヶ月プロセスが伸びてしまうので、早めに届けておいたほうがいいと思います。

在留届ですが、私は英文出生証明の申請にあたって、在留届が出ている必要があると日本総領事館で言われ、そのときに届を出しました。 　

婚姻届を提出していなくても移民申請は出来ますが、婚姻届を大使館及び領事館に提出しないのは違法ですよ。日本人には、海外で結婚しても婚姻届を提出する義務がありますから。
シュガーさんが結婚したらすぐに（３ヶ月以内）に婚姻届を出すことをお勧めします。