「父親がカナディアンという証明ができれば婚姻関係は関係ない」です。
お子さんのカナダ国籍はカナダ法の問題なので、カナダ大使館の情報を優先してください。
カナダ大使館のサイトによると、婚姻関係とは関係なく、お子さんの出生届の受理証明書に書かれた父親がカナダ人である証明ができればいいようです。
同じ情報かもしれませんが、カナダ大使館のサイトにある必要書類をコピペしておきます。
1. completed application form.
2. Three photographs (two for the Citizenship office in Canada and one for the Embassy or Consulate) of the child as per the specifications explained on the application form.
3. The child’s official record of birth which establishes the relationship between the child and the Canadian parent. In Japan this is usually the Certificate of Acceptance of Registration of Birth (shussei todoke no juri shomesho) issued by ward or city offices. This document must bear the names of the parents. Hospital records of birth are not acceptable.
4. The original of the parent’s document which establishes his/her own Canadian citizenship. This is usually a birth certificate or a CCC.
5. Two additional pieces of personal identification for the child.
6. The prescribed fee of $75
http://geo.international.gc.ca/asia/main/japan/citizenship-en.asp
すでに東京のカナダ大使館と連絡を取っていらっしゃるようですが、不明な点があれば、カナダ大使館に問い合わせるといいと思います。
赤ちゃんとの対面、楽しみですね。
お大事になさってください。