skiiled worker申請をパートナーの方と一緒にするということですよね。ポイントは合算できませんが、パートナーの学歴などの加算ポイントはあります。
ワークビザが切れるまでに同棲生活が1年を超えるのなら、彼の大学によっては、彼のパートナーとしてオープンワークパーミットを申請できます。こちらを参照してください→
http://www.cic.gc.ca/english/study/work-opps.html#spouse
働けるビザがあればハイクラスの職にも就きやすいでしょうから、それで働きながら移民申請に必要であればAEOを取るということも考えられますね。
ちなみに配偶者・パートナーが市民・永住者の場合は、ファミリークラスという別のカテゴリになり、ポイントは関係ありません。