もうガイドなどをお読みになっていれば分かると思うんですが、コモンローの定義の中にこうかいてあります。
The year of living together must be a continuous 12-month period and cannot be intermittent periods that add up to one year.
http://www.cic.gc.ca/english/sponsor/familymembers.html#common
ですので、旅行で1週間などでしたら、問題ないかもしれないですが、3ヶ月となると1年の4分の1もかけていることになりますので、コモンローとはみなされないと思います。コモンローとして申請しても、証拠を提出する際、その3ヶ月間が別々ということになり、どこに住んでいたかや、パスポートのスタンプなどで、結局満たしてないことがわかれば、コモンローと認められない可能性がかなり高いと思います。
コモンローで申請するなら、やはり満1年になるように待ったほうが確実です。Conjugualという手もあるかもしれないですが、比較的難しいといわれてるようですね。離れ離れにならなくてはいけなかった証拠をいかに納得させるかが大きな鍵になるかと思います。