日本人で日本在住→マニラ
日本人でカナダ・アメリカに在住→バッファロー

では、日本人で韓国や香港等に在住の場合、韓国や中国のカナダ大使館に提出できるのですか？

カナダ大使館ではなくてVisa Officeです。
http://www.cic.gc.ca/english/applications/skilled-mission-simple.html 　

1年以上の滞在ビザを持っていれば、滞在国の管轄ビザオフィスに申請できます。韓国の場合はソウルのカナダ大使館、香港の場合は香港のカナダ総領事館がビザオフィスです。
こちらに、国と管轄ビザオフィスの対照表があります：http://www.cic.gc.ca/english/offices/apply-where.html

トピ主さんは、スキルドワーカーでの申請をお考えですか。
ソウルはマニラより少し速いかもしれませんが、香港、北京は同じかむしろ遅いくらいです。台北が比較的速いですね。 　

トピ主です。もし、台湾に１年間留学とかで住むことができれば、台湾のビザオフィスに日本人でも提出することが可能ということですよね？ 　

そういうことです。 　

途中で滞在ビザがが切れて帰国しないといけない場合はビザ手続きはどうなるのですか？マニラに送られるのですか？ 　

特に問題ない限り、受け付けたビザオフィスが最後まで審査します。 　

パスマークに達していれば、学生ビザやワーホリで台湾などに行って、申請だけして(1ヶ月未満とかで)日本に戻ってくるということも可能なのですか？移民局はこのようなやり方でも審査を続けてくれるのでしょうか？ 　

国籍のある国の管轄オフィス以外に提出するには、1年以上のビザがあることに加え、その国に居住していることが要件となります。オフィサーによるとは思いますが、1ヶ月未満の旅行では、申請書を受理されず、送り返される可能性もあるのではないでしょうか。

もう１つ、2003年5月より前は、どこのビザオフィスにも提出できたのですが、一応の管轄があって、それ以外のオフィスに提出すると通常以上に時間がかかっていました。それを是正するために、現在の制度になったわけです。なので台北が早いからといって、日本人が申請しても同じようにスムーズに処理されるとは限りません。 　

移民申請は時間がかかるので少しでも若いうちにと思うけど、なかなかうまいようには申請できませんね・・・

カナダや台湾に例え留学しても日本国籍なのでスムーズに処理されないですか・・・