国内申請しようとしているのですが、日本に緊急に帰らなければいけなくなった場合、日本に帰国して、カナダに入国するときに、なぜ帰ったか証明できれば平気でしょうか？どなたか経験者いらっしゃいませんか？

それは全て入国審査官の判断ですから運です。誰も「大丈夫」なんて言えませんよ。国内申請しないで、バッファローに国外申請をすればいいだけの話です。過去トピたくさん出てますよ。 　

なぜ帰ったかは関係ないです。まだ申請していないのなら、国外申請にされたらいかがですか。国内申請は、カナダ滞在ビザが取れない国の人向きのもので、時間もかかるし、日本人にはあまりメリットはないですよ。 　

もう国内申請したのですが、もし日本にいる家族に何かあった場合は日本に帰国できるのでしょうか？ 　

経験者から聞いた事があるのですが、多分９８％は無理でしょう。 　

申請中に2回帰りました。
2度とも主人が一緒だったので入国審査も一言説明しただけで（申請中ですと）問題は全くありませんでした。
ただ他の方もおっしゃっているように審査官次第だとは思います。
日本のパスポートなら大丈夫ではないかとも思いますが、こればかりはご自身で判断されて後悔のないようにされるほうがいいと思います。 　

もし、家族がなくなった場合、私１人で帰国しても、カナダに入れると思いますか？死亡証明書とかとれば平気でしょうか？ 　

核家族内に不幸(死亡)が起こった場合は、一人でも帰れる、
と移民局の人に言われました。
その証明にどういう書類が必要かはCICに聞いてください。 　

みなさん色々情報ありがとうございます。
彼と話た結果、時間はかかるけど、書類が少なくて済むので国内申請を考えてます。不幸が合ったときは帰れるということだし、、、何も問題ないことを願いますが、、、