大切なパスポートなので心配なの気持ちはよくわかります。でも2〜3ヶ月パスポートが返ってこないことは珍しくないですし、たいていちゃんとビザを貼って返送されてくるので、落ち着いて待っていてください。いくらメールを送っても返事はたぶん来ないです。
マニラのサイトには、配偶者・パートナーの申請の場合、6か月以内はステータス問い合わせに返事をしないと書いてあります(個人移民の場合は何と60ヶ月です)。
Please do not send any correspondence to our office during the periods of time shown below to request a case status update, as we will be unable to respond. Previous information or letters from our office concerning expected or future processing times are no longer valid. Please consult this website for current processing times. Contact this office as early as possible only if there are changes to your personal particulars, including change of address or family composition. In planning for their departure for Canada, applicants should not make any final commitments, such as selling assets or terminating employment, until they have received their Permanent Resident visas.
Spouses/Common-law Partners/Dependent Children
Within six (6) months from receipt of completed application package, unless an interview is required.
http://www.dfait-maeci.gc.ca/asia/manila/visas/servstan-en.asp
書類は追跡できない方法で送られたのですか?もし到着してるかどうかどうしても心配なら、カナダ国内から、CAIPS(申請ファイル
http://www.cic.gc.ca/english/department/atip/requests-personal.html)の写しを請求すれば確認できると思います。手数料を払って業者に頼めば日本からでも請求できます。
いつパスポートが返せるかは、パックグラウンドチェックや健康診断などの結果がいつ出るかにもよるので、問い合わせてもビザオフィサーにも、誰にもわからないことが多いです。
とにかく異常なことではないので、あまり心配しないで、気長に待っていてください。