スキルワーカーで6月末に申請書一式をマニラに提出できるよう書類を集めています。申請時にIETLSの成績証明書を提出しようとブリティッシュカウンシルに証明書の発行を求めたら、個人には成績証明書を出せないと言われました。大使館に直接送るから住所を教えてくれと言われました。この場合、その他の書類を送り終えた後に、IELTSの証明書を送ってもらったほうがいいのでしょうか。また別便で送っても、マニラできちんと私の書類として処理してもらえるのでしょうか。

本人に成績レポートが1通送られてくるはずですが。
それを申請書と共に提出してください。