>国外申請の場合はカナダ国外にいないといけないといわれたのですが、
実際に多くの方が、国内から国外申請をして永住権を取得していらっしゃるので、それが何よりの証拠だと思いますが、ちょっとだけ法律の方を説明してみますね。
移民法22条(2)項にこんな規定があります。
(2) An intention by a foreign national to become a permanent resident does not preclude them from becoming a temporary resident if the officer is satisfied that they will leave Canada by the end of the period authorized for their stay.
http://www.canlii.org/ca/sta/i-2.5/sec22.html
ちょっとわかりにくいですが、「永住権を申請するつもりがあっても、要件を満たせば入国可能」、つまり「『永住権を申請する人は国外にいないといけない』わけではない」という意味です。ここでいう永住権は、国外申請を含みます(というか、永住権申請は国外申請が原則、国内申請は例外です)。
カナダ大使館のサイトは、もう少しわかりやすく、次のように説明しています。
Question: Can I visit Canada during the processing of the application or, if I already submitted my application, can I go to Canada and wait for my visa there?
Answer: Yes, you can. You will be subject to requirements applicable to visitors. You will normally be granted a stay of six months upon arrival in Canada. This can be extended for another six months. When your visa is ready the visa office will contact you. If your application for immigration is not finalised before the end of your authorized period of stay you will be required to leave Canada.
http://www.canadanet.or.jp/i_v/im/fcqa_e.shtml
この説明では、申請後でないと入国できないような印象を受けますが、先ほど説明したように、申請前でも入国できます。ただ、移民申請せずにビジターでいつかれるのは困るので、申請後の方が入国がスムーズだということではないかと思います。
どちらにしても、国外申請は「申請中は離れ離れ」でいることが要件ではないです。そんなことを強制したら、人道上問題ですよね。(笑)