今学生ビザの延長手続き中ですが、
諸事情で日本に帰国しなければならなくなりました。

今のビザはカナダに帰ってくる時期に
ちょうど切れてしまうので、
カナダ再入国できるか不安です。

近々カナダ人と結婚する予定なので、その事情をカナダ入国の際説明すれば、大丈夫でしょうか？

出国すると学生ビザの申請が無効になり、国外でもう一度申請料を払って再申請することになります。カナダ人と結婚するのは、学生ビザと関係ないと思います。