ガイドの最初の章の「Important Information: For Sponsors and Spouses or Common-law partners」には、国外申請より時間がかかることを含め、国内申請の不利な条件がすべて明記されています。ビザ免除国の国民である日本人は、そんな不利な条件を飲まなくても簡単に入国できますから、国外申請をすればいいわけで、CICにしてみれば、それをあえて国内申請するなら止めはしないけど、不利な条件を緩和することはないよ、といったところでしょう。
ただ、確かにガイドを丹念に読めばそういうことはわかるけれど、CICのサイトにも書いていないし、「Applications from Abroad」、「Applications Within Canada」という法律上のレトリックは、英語を母国語とする人でさえわかりにくいですね。申請者が国内にいるのが国内申請、国外にいるのが国外申請というよくある誤解も当然でしょう。もっと一般の人にもわかりやすい「通常申請」、「特別申請」というような名称を考えればいいのに、と思います。