>ただ、ここまで差があると、何か大きな勘違いをしている様な気がしてなりません。
はい。ちょっと勘違いをしていると思います。
スキルドワーカーでの移民は全て「国外申請」ですよ。
日本からだと「マニラ」で、カナダ又はアメリカからだと「バッファロー」の2ケ所にしか申請できません。「国内申請」か「国外申請」か選べるのはファミリークラスの申請で、レス1さんが言っている「スポンサー」(配偶者又はコモンローパートナー)が必要になります。
個人移民のプロセスタイムを見れるCICのページは
http://www.cic.gc.ca/english/department/times-int/02a-skilled-fed.html
ではないでしょうか。マニラとバッファローでは確かに大分差がありますので、もしトピ主さんがこれからカナダにずっといる予定ならバッファローの方が早いですよね。