ファミリークラスでのPR申請に使う戸籍謄本ですが、
私はカナダ形式で結婚の上、日本にも婚姻届を出し、自分が筆頭者の戸籍を所持しています。
提出に使う戸籍謄本は私だけの新しいものか、父の戸籍（家族全員分書いてある）で私が「除籍」となっているもの、どちらのほうが良いのでしょうか。

自分の戸籍謄本ですよね
お父さんの戸籍だったらトピ主さんにとっての除籍謄本になりませんか？
自分が筆頭者のでよかったと記憶していますというか、自分の戸籍謄本を取るとなると必然的にこちらになると思います