前回コープビザを申請するときはエージェントが代理申請をしてくれました。
今回はワーホリ申請は自分で行ったのですが、エージェントがGCKey account を作成しているとおもうのですが、それに気づかず私の方で新しいGCKey account を作成し、ワーホリの申請をしてしまいました。

このような場合、どうしたらいいかわかるかた教えてください。

それで何か問題ありましたか？
特に問題ないのではないと思うのですが。

代理申請の場合、代理申請用のアカウントか何かがあるのではないかと推測します。

ちなみに私も、自分での申請とエージェントの代理申請を経験してますが、特に何もなかったです。アカウント情報の共有もしてません。