カナダ国内でPNPを申請、ワークビザが切れたので現在日本に一時帰国中です。先日PNPにノミネーションされたと連絡がきました！
ワークパーミッドサポートレターも一緒に届いたのですが、この後の流れがれよくわかりません。

このままサポートレターを持ってカナダに戻り、空港でビザを発行してもらえるのでしょうか？それとも事前に何か日本で手続きが必要でしょうか？
そしてカナダ国内からCICにペーパーベースで永住権申請、という流れで合っていますでしょうか。

どなたか経験者の方、教えていただけますと大変助かります‥。よろしくお願い申し上げます。

経験者ではありません。
BCPNPのことしか調べたことがありませんが、
それによると、support letterはwork permitではなく、そのletter添付でIRCCにwork申請しないといけないはずです。
その後の流れはどのprogramにapplyしたかによるのではないでしょうか。