私は永住権を持っていて、この度日本在住のシングルマザーと結婚することになりました。
子供の移民申請するにあたり、実の父親の同意書の類は必要になってきますか？
おそらく、実の父親は難色を示すと思われます。
ご存知の方、教えてください。
よろしくお願いします。

当然子供の親権がどうなっているか、離婚は成立しているか、子供の年齢などは関係する。
次を読んでください。

https://settlement.org/ontario/immigration-citizenship/sponsorship/outside-canada/how-do-i-sponsor-a-spouse-common-law-or-conjugal-partner-or-dependent-child-living-outside-of-canada/