国外申請して、申請途中でカナダに来てビジターで滞在しています。この度受理されたレターが届きましたのでボーダーで最終手続きをする予定です。その際アメリカのestaは必要でしょうか？実際はアメリカに入国するわけではないと聞きました。どなたか教えてください。

陸路でボーダーに行くのでしたら、esta は必要ありません。
おっしゃる通り、フラッグポールといって、アメリカのボーダーでパスポートを見せた後すぐにカナダに戻り、アメリカには入国しないので、esta も I-94W も、さらには入国審査手数料の USD$6 も必要ありません。
アメリカのボーダーで「PRのランディングのために、フラッグポールしてカナダのボーダーに戻りたい」と申し出れば大丈夫です。