Work permit申請されたということは、雇用主は、LMIAを取得されたのですか?通常は、LMIAを取得してから、Work Permitを申請されたほうが、流れ的にはスムーズです。(LMIAがWork permit申請時にあれば、よほどのことが無い限りは、却下されません)ただ、今持っているビザの期限がぎりぎりの場合は、LMIA申請中に同時にWork Permitを申請することもあります。そうすると、インプライドステイタス状態になり、LMIAの結果が来るまでは、一応は合法的には滞在できます。
ただ、LMIAの申請もまだな状態では、Work Permit自体申請はできませんので、却下されます。
トぴ主さんは、Open Work Permit(ポスグラなど)、Closed work permitそれとも今ある
Work permitの延長のうちどれか分かりませんが、ワーホリの延長はできません。
一度が却下されると、今後の履歴に残るのと、今あるビザが切れる前にカナダから出国しないといけません。
もし、納得いかない、不服がある場合は、90日以内に再申請することが可能ですが、(その間は、ビザか切れていても滞在は出来ますが、合法的には働けません)よほどの事情がない限りは、ほぼ不可能です。