カナダ人と結婚し２年以上結婚生活を続けるという条件でPRを取得しています。
PR取得後２年以上結婚生活を続ける事なく別れることとなり、離婚をする時はPRを破棄して日本へ帰国するつもりですが、
その前に別居をし少し様子を見て、それでも関係が上手くいかなければ離婚手続き等全て済ませて日本へ帰国したいなと思っているのですが、そういった事は可能なのでしょうか？
違法な事やルールを破るつもりはないので、もし短期の間別居をする事が許可されているかご存知の方がおられれば教えていただけると助かります！宜しくお願いします。

いや、そもそも1年の別居がないと離婚できませんので・・・
離婚しようと思ったら、1年別居し、その後手続きに数か月、それでやっと離婚になります。

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カナダでの離婚は、1年の別居か裁判所で離婚申し立てをして離婚できます。離婚した旨を移民局に連絡すれば、永住権がなくなると思います。それか、そのまま移民局に連絡しなくても5年後の更新の際に、更新できないかと思います。

別居して関係改善って聞いたことないですよ。
離婚前提とまではいかなくても、別居するときは離婚決意してることの再確認と思った方がいい。
もし、まだやり直したい思いがあるなら、別居はやめたほうがいいですよ。

http://www.cic.gc.ca/english/department/media/notices/2016-10-28.asp

The Government is proposing to eliminate the current conditional permanent residence measure so that these individuals are no longer required to live with their sponsors for two years in order to maintain their permanent residence status.

今の与党がこの「2年間ルール」を破棄する方針を示しているので2年経過する前に別居をしたとしても、それでトピ主さんのPRが剥奪されることはほとんど可能性がないと思いますよ。

離婚は新しい人生への旅立ち、きちんと処理しましょう。