結婚する際のマリッジライセンス申請に係りCity of birthe（出生地）が必要なのですが、あくまで出生届で提出された住所でいいのでしょか。
私は日本で結婚→離婚の経験があり、その際に戸籍が変わったため（離婚して自身の単身戸籍が新しく作成され、離婚時の住所が本籍地となったため）、出生地と本籍地が違います。

結婚後マリッジサーティフィケイトを持参して領事館に届出する際に必要となる戸籍謄本には、本籍地と出生地との両方が記入されているので、あくまで出生地の方でいいのだと思っているのですが、、、
パスポートには本籍地のみが記されていて、万が一、この本籍地を出生地として扱われると後々問題が発生すると嫌なので念のため確認したく、同様に本籍地と出生地が違う方がいらっしゃれば教えて欲しいです。

ちなみに、eTA申請にも、City of birth（出生地）欄があり、旅行会社や留学会社がeTA申請方法として解説しているものの中に、「パスポートに記載されている「本籍地」を入力してください」と書かれているものがあり、少し不安になりました。「出生地の市町村名をアルファベットで記入します。日本のパスポートには『本籍地』のみ記載されているため間違えやすいのですが、あくまでもここに入力するのは『出生地』となります。」と解説している会社もあるのですが。。。

領事館に聞けばいいのですが、できれば今日ライセンスを買いに行きたいので、取り急ぎ、質問させていただきました。よろしくお願いします。

本籍地と出生地はまったく違うものですよ。
本籍地は変えることは可能ですが、出生地は一生変わりません。

要するに、どこの畑で取れた芋かということ。

日本では里帰り出産する方も多いので出生地と本籍地が違う人はたくさんいると思います。
Res 1さんがおっしゃる通り、本籍地は好きな場所にできますが、出生地は変わりません。
本籍地なんて戸籍がある少数の国だけでしょうし、カナダで聞かれる事はまずないと思います。
City of birthは出生地です。

Res.3さん、ご返答くださりありがとうございました！もやもやしていた不安がすっきりしました！！

でも、確かに、カナダ政府のウェブサイトのeTA申請の日本語解説ページでも、City of birthは、「出生市町村／本籍地」と訳され、「パスポートの本籍欄に記載されている市町村名を記入してください。
パスポートの本籍欄に市町村が記載されていない場合は、生まれた市町村の名称を記入してください。」という解説が書かれていますね。
本籍地と出生地が違う人は、これを見たら「本籍地」を記入するべきだと判断してしまいますよね。

http://www.canadainternational.gc.ca/japan-japon/index.aspx?lang=jpn
↓
査証・VISAのページ　http://www.canadainternational.gc.ca/japan-japon/visa.aspx?lang=jpn&menu_id=33
↓
「eTAついて、以下の言語でご案内しています。ご自身の入国要件をご確認ください：」→日本語
http://www.cic.gc.ca/english/visit/eta-facts-ja.asp?utm_source=canadainternational&utm_medium=link-japanese&utm_campaign=eta
↓
eTAを申請する
↓
「Help with the form in other languages」→　•Japanese (PDF, 374.28 KB)

カナダは属地主義を取っている、だから常識的にどこの土地で生まれたかということが大切なのだ。
太平洋上空を飛んでいるカナダ国籍の飛行機の中で生まれた子供には自動的にカナダ国籍が与えられる。

日本は属人主義と取っているので生まれた土地は重要ではない。親が日本人ならどこで生まれようと日本国籍になる。
常識が違うのである。

そもそもパスポートの本籍地は registered domicile と書かれています。
つまり登録本拠地？ということで、出生地とはまったく別です。

eTAの申請については良くわかりませんが、eTA はパスポートと一致したものを書いておくほうが無難だからじゃないでしょうか？（そもそも、本籍地は県しか書かれていませんし、カナダに観光入国するのに出生証明書が求められることなどないですから）

諸外国で、本籍という概念があるのは、世界中でもものすごく少数だったと思います。
なので、海外で何かの手続きをするとき、本籍地が求められることは、ほぼ100％ないと思います。

他の方も言われていますが、本籍なんて、管轄役所があるところであれば、日本全国、どこでも好きなところにいくらでも変えられます。皇居を本籍地にしている人も多いですよ。

自分の意志でコロコロ変えられる情報に、IDとしての意味はないです。

一方、出生地は、その出生証明書が書かれた所という意味で、一生変えることはできません。ですからIDとして意味を持つものです。

Res 7さんに完全に同意。

Res.7さんの「eTA はパスポートと一致したものを書いておくほうが無難だからじゃないでしょうか？」
確かにその通りでしょうね。
ただ、例えば、eTA申請時にCity of birth欄に本籍地（都道府県名）を記入した場合、
その後、カナダ人と結婚することになりPR申請する際や、その後も（いつも）City of birth欄には本籍地（都道府県名）を記入しないと差異が生じて問題になったりはしないでしょうか？

eTAは、5年間有効です。
5年経過以降に再度eTA申請する際に、出生地を記入すれば大丈夫なのか。。。
また、前回のeTA認証と今回のeTA申請の記載内容が違うということも問題ですよね？

結局、カナダ政府のウェブサイトでeTA申請の 'City of birth' の日本語解説として「パスポートの本籍欄に記載されている市町村名を記入してください。」と記述していることが困惑させるもとになっているのかもしれませんね。

Res.7さんの仰るとおり、パスポートの本籍地は都道府県名であり、市町村名は書かれていないので、本籍地と出生地が同じ人であっても、栃木県宇都宮市生まれの人は、本籍地は「栃木」で、City of birthは「宇都宮市」となるのかと。

Res.7さんが言っているようにパスポートの本籍地はregistered domicileであり、City of birthとは違うものだと入国審査官は認識していますか？
eTA認証を取ってカナダに来る人は、入国審査官がパスポートを見たときに書いてある地名（＝本籍地）とeTAでの’City of birth’が違っていても問題ないということですよね？
皆さん、これでスムーズに入国審査（別室で調べる時間を取られることなく）通過しているということなら安心ですが、
どなたか実際これで全く問題なく入国した方いらっしゃいますか？

私は、マリッジライセンスを購入するとき’City of birth’をお店の担当者に聞かれて、単に「出生地」と解釈したため、都道府県名で答えてしまいました。（宇都宮でなく栃木県と。）

書類として提出する時は、きちんと考えながら記入すると思いますが、カジュアルな雰囲気の中での会話だったため深く考えませんでした...

市町村名でないといけなかったでしょうか？